L’elenco di seguito riportato si riferisce alle Direttive 92/43/CEE (Direttiva Habitat) e 97/62/CEE e successive modifiche ed integrazioni. I codici numerici sono quelli che compaiono nell’Allegato 1 della Direttiva Habitat e sono relativi al sistema di conservazione definito NATURA 2000. Con l’asterisco (*) vengono indicati gli habitat “Prioritari”.
| Codice | Habitat | Corrispondenza |
| 1110 | Banchi di sabbia a debole copertura permanente di acqua marina | Praterie di fanerogame dei fondali marini sempre sommersi |
| 1130 | Estuari | Ambiti alveali di foce |
| 1140 | Distese fangose o sabbiose emergenti durante la bassa marea | Gli ambiti di velma coperti o meno da popolamenti algali e da rade praterie di Zostera noltii |
| 1210 | Vegetazione annua delle linee di deposito | Depositi sabbiosi di Punta Spigolo con Cakile maritima/*, Atriplex prostrata, ecc. |
| 1310 | Vegetazione pioniera a Salicornia ed altre specie annuali delle zone fangose e sabbios | Cenosi di Salicornia patula e Suaeda maritima/*, di Salicornia veneta ecc., dei fanghi salati dei settori di barena in erosione o di neo-costituzione |
| 1320 | Prati di Spartina (Spartinion maritimae) | Praterie di Spartina maritima dei settori di barena costantemente fradici d’acqua salata (regolarmente inondate dalle alte maree) |
| 1410 | Pascoli inondati mediterranei (Juncetalia maritimi) | Praterie impaludate da acque salmastre, dominate da Juncus maritimus o da Juncus gerardi/* |
| 1420 | Praterie e fruticeti mediterranei e termo atlantici (Arthrocnemetalia fruticosae) | Vegetazioni di barena con prevalenza di Arthrocnemum fruticosum |
| 1510 | * Steppe salate mediterranee (Limonietalia) | Aspetti di vegetazione di barena |
| 3140 | Acque oligomesotrofe con vegetazione bentica di Chara spp. | Stagni temporanei d’acqua dolce attorno al centro visite e dei ripristini della Boschetta |
| 3240 | Fiumi alpini con vegetazione riparia legnosa a Salix elaeagnos | Settori fluviali con boscaglie a Salix eleagnos/*, S. purpurea s.l. e Populus nigra/* su ghiaie di greto della parte nord della Riserva |
| 3260 | Fiumi delle pianure e montani con vegetazione del Ranunculion fluitantis e Callitricho-Batrachion | Corsi d’acqua di risorgiva canalizzati (canale del Brancolo) ma ancora ricchi di vegetazione sommersa |
| 3270 | Fiumi con argini melmosi con vegetazione del Chenopodium rubri p.p. e Bidention p.p. | Ambiti fluviali con presenza di vegetazione nitrofila erbacea d’alveo più o meno effimera |
| 62A0 | Formazioni erbose secche della regione submediterranea orientale (Scorzoneratalia villosae) | Lembi di prato magro a Chrysopogon gryllus e varie orchidacee nella parte Nord della Riserva |
| 6420 | Praterie umide mediterranee con piante erbacee alte del Molinio-Holoschoenion | Prati umidi acquadulcicoli in località Boschetta e in località Cona (Pascolo del Biancospino) |
| 6430 | Bordure planiziali, montane ed alpine di megaforbie igrofile | Vegetazione del bordo di alcuni principali fossi d’acqua dolce |
| 6510 | Praterie magre da fieno a bassa altitudine (Alopecurus pratensis pratensis, Sanguisorba officinalis) | Lembi di prato mesofilo da sfalcio nella parte nord della Riserva |
| 7210 | * Paludi calcaree con Cladium mariscus e specie del Caricion davallianae | Alcuni canneti di Cladium mariscus/* in località Boschetta e Cona |
| 91F0 | Foreste miste riparie di grandi fiumi a Quercus robur, Ulmus laevis, Ulmus minor, Fraxinus excelsior o Fraxinus angustifolia (Ulmenion minoris) | Boschi di golena con Fraxinus angustifolia/oxycarpa |
| 91L0 | Querco-carpineti illirici (Erythronio-Carpinion) | Lembi di bosco naturaliforme in zona “Bosc Grand” |
| 92A0 | Foreste a galleria di Salix alba e Populus alba | Settori di bosco alveale con prevalenza di Salix alba/* (Salicion albae), boschi di golena con Populus nigra/*, Populus alba, Fraxinusangustifolia/oxycarpa |
