La Riserva Naturale Foce dell’Isonzo coincide in larga parte con la ZSC/ZPS “Foce dell’Isonzo – Isola della Cona” IT3330005, sito della Rete Natura 2000 istituito ai sensi delle Direttive europee 43/92 “Habitat” e 147/09 “Uccelli” che si estende per 2668 ettari. All’interno del sito Natura 2000 vige il Piano di Gestione, adottato con DGR 349 del 23.02.2018
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Le specie e gli habitat di particolare interesse conservazionistico sono riassunti nel formulario standard del sito Natura 2000.